一、软件功能与适用场景
STAMP（Statistical Analysis of Metagenomic Profiles）是一款专为微生物组学和宏基因组研究设计的统计分析工具，支持物种分类、功能基因、代谢通路等多维度数据的组间差异分析。其核心功能包括PCA主成分分析、热图绘制、误差线图展示等，能够直观呈现不同实验组间的微生物组成或功能丰度差异。该软件兼容多种输入格式，如QIIME的biom文件、KEGG功能注释结果等，适用于医学、环境科学、农业等领域的科研人员。
作为一款跨平台工具，STAMP支持Windows、Linux和macOS系统，且操作界面简洁，无需编程基础即可完成数据分析。用户群体涵盖从实验室技术员到高校研究者的广泛人群，尤其适合需要快速生成发表级图表的科研团队。其特色在于整合了十余种统计检验方法（如t检验、ANOVA等），并能自动计算置信区间和p值校正结果，显著提升了分析效率。
二、下载与安装指南
用户可通过STAMP官网获取最新安装包。进入下载页面后，选择对应操作系统的版本（如Windows用户点击“STAMP v2.1.3.exe”），下载完成后双击进入安装向导。需注意安装路径必须为全英文，避免因中文字符导致程序运行异常。对于学术机构用户，建议联系IT部门配置MATLAB运行环境以支持高级功能，但基础分析无需额外依赖库。
安装完成后首次运行时，需准备两个核心文件：功能丰度表（如KEGG.txt）和分组信息文件（Group.txt）。丰度表要求第一行为标题行，数据以制表符分隔，建议使用Excel编辑后另存为.txt格式。分组文件需确保样本名称与丰度表完全匹配，建议通过“文件-导入数据”功能分步加载，若遇报错可检查文件编码是否为UTF-8。
三、核心功能与使用测评
在实际操作中，STAMP的分析流程分为数据导入、参数设置、结果输出三阶段。以两组肠道菌群差异分析为例，用户导入文件后，可通过界面顶部的“Two groups”选项选择比较组，并指定Welch’s t-test等统计方法。软件会自动生成包含效应值、置信区间和显著性标记的表格，同时提供箱线图、热图等8种可视化方案。测试显示，处理包含200个样本、50个功能通路的数据集时，完整分析耗时约3分钟，效率优于同类命令行工具。
其可视化模块表现尤为突出，支持图形元素的交互式调整。例如PCA图中可点击异常样本点进行剔除，柱状图的配色方案和坐标轴范围均可通过右键菜单自定义。导出的矢量图可直接用于论文插图，分辨率和字体清晰度达到出版要求。不过需注意，当差异特征超过30项时，建议通过“Filter”功能按p值或丰度阈值筛选，避免图像元素过载。
四、安全性与使用建议
在数据安全方面，STAMP作为开源软件（GitHub仓库可查），其代码经过多所高校实验室验证，未发现恶意代码或后门程序。官网提供的安装包已通过McAfee等杀毒软件扫描认证，用户可从数字签名信息确认文件完整性。值得注意的是，部分第三方平台提供的“破解版”可能植入木马，建议优先选择官方渠道下载。
长期使用建议定期清理缓存文件（默认位于C:Users用户名.stamp），以防敏感数据泄露。对于涉及人类样本的研究，软件支持数据匿名化处理，可通过“Metadata Scrubbing”功能删除样本ID等隐私信息。建议搭配防火墙设置访问权限，避免分析过程中意外连接外部服务器。